COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 29.450333 29.450333 29.974675
2021-01-10 17:00:00 29.517471 29.517471 30.097027
2021-01-09 17:00:00 30.079648 30.079648 30.135811
2021-01-08 17:00:00 30.836470 30.836470 30.230557
2021-01-07 17:00:00 33.730790 33.730790 30.280621
2021-01-06 17:00:00 26.850592 26.850592 30.112767
2021-01-05 17:00:00 28.210302 28.210302 29.871382

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 30.379747 30.379747 27.468950
2021-01-10 17:00:00 27.900797 27.900797 27.260623
2021-01-09 17:00:00 28.109628 28.109628 27.151844
2021-01-08 17:00:00 25.196850 25.196850 27.844563
2021-01-07 17:00:00 30.411687 30.411687 28.378064
2021-01-06 17:00:00 25.172414 25.172414 28.259824
2021-01-05 17:00:00 25.448029 25.448029 28.196689

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 50.967742 50.967742 22.665349
2021-01-10 17:00:00 22.784810 22.784810 22.600734
2021-01-09 17:00:00 18.404118 18.404118 22.652178
2021-01-08 17:00:00 23.467862 23.467862 23.050314
2021-01-07 17:00:00 18.787879 18.787879 23.049760
2021-01-06 17:00:00 24.676851 24.676851 22.980421
2021-01-05 17:00:00 14.322251 14.322251 23.137128

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 17.786561 17.786561 14.853545
2021-01-10 17:00:00 14.872727 14.872727 14.596905
2021-01-09 17:00:00 14.218487 14.218487 14.587667
2021-01-08 17:00:00 15.314927 15.314927 14.679689
2021-01-07 17:00:00 20.663995 20.663995 14.940173
2021-01-06 17:00:00 13.611491 13.611491 14.529832
2021-01-05 17:00:00 7.528711 7.528711 14.072211

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 16.073678 16.073678 16.827036
2021-01-10 17:00:00 12.259074 12.259074 16.868954
2021-01-09 17:00:00 19.484727 19.484727 17.029147
2021-01-08 17:00:00 20.949542 20.949542 17.160145
2021-01-07 17:00:00 16.202064 16.202064 17.950794
2021-01-06 17:00:00 9.308348 21.073743 17.880545
2021-01-05 17:00:00 16.408300 16.408300 18.219523

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 55.327635 55.327635 45.914952
2021-01-10 17:00:00 48.539177 48.539177 44.833534
2021-01-09 17:00:00 40.251855 40.251855 45.532321
2021-01-08 17:00:00 52.953476 52.953476 46.083910
2021-01-07 17:00:00 53.725585 53.725585 45.455337
2021-01-06 17:00:00 26.657645 26.657645 44.616648
2021-01-05 17:00:00 42.869342 42.869342 43.639041

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 39.324619 41.036369 40.068375
2021-01-10 17:00:00 38.814994 38.814994 38.339393
2021-01-09 17:00:00 44.911504 44.911504 37.986976
2021-01-08 17:00:00 43.565038 43.565038 37.551274
2021-01-07 17:00:00 37.444196 37.444196 37.144156
2021-01-06 17:00:00 43.193158 43.193158 37.309019
2021-01-05 17:00:00 40.952381 40.952381 36.865129

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 25.968109 34.499896 31.060320
2021-01-10 17:00:00 34.021824 34.021824 30.732294
2021-01-09 17:00:00 27.127286 27.127286 30.625021
2021-01-08 17:00:00 33.950747 33.950747 30.295625
2021-01-07 17:00:00 29.798995 29.798995 30.033238
2021-01-06 17:00:00 31.651159 31.651159 29.710326
2021-01-05 17:00:00 25.320371 25.320371 29.187449

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 25.167038 25.167038 31.464950
2021-01-10 17:00:00 34.888060 34.888060 31.446221
2021-01-09 17:00:00 37.491091 37.491091 31.783177
2021-01-08 17:00:00 27.932961 27.932961 32.289124
2021-01-07 17:00:00 37.051040 37.051040 32.860484
2021-01-06 17:00:00 28.515625 28.515625 33.535594
2021-01-05 17:00:00 29.618768 29.618768 33.812564

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 28.483920 28.483920 32.163431
2021-01-10 17:00:00 33.367378 33.367378 32.225535
2021-01-09 17:00:00 31.087954 31.087954 32.300002
2021-01-08 17:00:00 30.619248 30.619248 32.507190
2021-01-07 17:00:00 37.210848 37.210848 32.895045
2021-01-06 17:00:00 33.420129 33.420129 32.677423
2021-01-05 17:00:00 29.017567 29.017567 32.467006

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 28.931364 9.557979 15.324821
2021-01-10 17:00:00 18.467742 18.467742 15.662481
2021-01-09 17:00:00 17.097416 17.097416 15.871726
2021-01-08 17:00:00 14.722005 14.722005 16.289285
2021-01-07 17:00:00 15.813528 15.813528 16.639303
2021-01-06 17:00:00 17.021764 17.021764 16.911571
2021-01-05 17:00:00 14.100985 14.100985 17.234508

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 10.080645 10.080645 8.852681
2021-01-10 17:00:00 12.187160 7.480315 8.914649
2021-01-09 17:00:00 6.884058 6.884058 9.020456
2021-01-08 17:00:00 11.343284 11.343284 8.999956
2021-01-07 17:00:00 8.640407 8.640407 9.232692
2021-01-06 17:00:00 6.601467 6.601467 9.112197
2021-01-05 17:00:00 4.093567 4.093567 9.001111

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 35.310734 35.310734 46.769082
2021-01-10 17:00:00 55.508475 55.508475 46.848214
2021-01-09 17:00:00 48.780488 48.780488 46.510065
2021-01-08 17:00:00 39.277108 39.277108 45.967577
2021-01-07 17:00:00 45.739130 45.739130 45.703946
2021-01-06 17:00:00 58.287796 58.287796 45.052087
2021-01-05 17:00:00 64.069264 64.069264 44.759485

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 44.230769 17.490494 37.222260
2021-01-10 17:00:00 63.419118 44.155844 37.783572
2021-01-09 17:00:00 35.148515 35.148515 38.073317
2021-01-08 17:00:00 49.689441 20.779221 39.602868
2021-01-07 17:00:00 44.155844 44.155844 40.530184
2021-01-06 17:00:00 46.666667 46.666667 41.094623
2021-01-05 17:00:00 52.655889 52.655889 41.423673

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 32.239280 32.239280 35.750047
2021-01-10 17:00:00 33.896159 33.896159 36.082488
2021-01-09 17:00:00 41.483888 41.483888 36.358438
2021-01-08 17:00:00 26.970954 26.970954 36.626698
2021-01-07 17:00:00 41.711674 41.711674 37.145827
2021-01-06 17:00:00 34.489917 34.489917 37.181248
2021-01-05 17:00:00 39.777618 39.777618 37.409655

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 22.454874 22.454874 35.130722
2021-01-10 17:00:00 52.938497 52.938497 35.140215
2021-01-09 17:00:00 34.723187 34.723187 34.362881
2021-01-08 17:00:00 27.181140 50.963355 35.438956
2021-01-07 17:00:00 24.820552 24.820552 35.695745
2021-01-06 17:00:00 43.710257 43.710257 35.450838
2021-01-05 17:00:00 23.810573 23.810573 34.788610

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 12.157895 12.157895 12.494286
2021-01-10 17:00:00 13.473590 13.473590 12.592433
2021-01-09 17:00:00 11.418944 11.418944 12.696272
2021-01-08 17:00:00 10.066280 10.066280 12.727655
2021-01-07 17:00:00 19.417476 19.417476 12.705554
2021-01-06 17:00:00 13.426854 13.426854 12.396847
2021-01-05 17:00:00 9.535553 9.535553 12.035156

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 30.726041 30.726041 29.459755
2021-01-10 17:00:00 33.604809 33.604809 29.253047
2021-01-09 17:00:00 28.933291 28.933291 28.956859
2021-01-08 17:00:00 28.998741 28.998741 28.626713
2021-01-07 17:00:00 28.711485 28.711485 28.468492
2021-01-06 17:00:00 28.873720 28.873720 27.941054
2021-01-05 17:00:00 25.055644 25.055644 27.324957

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 18.398058 18.398058 14.938797
2021-01-10 17:00:00 11.459092 11.459092 14.847961
2021-01-09 17:00:00 14.909808 14.909808 15.199934
2021-01-08 17:00:00 16.436364 16.436364 15.393140
2021-01-07 17:00:00 22.218521 22.218521 15.624189
2021-01-06 17:00:00 9.980573 9.980573 15.669639
2021-01-05 17:00:00 13.041796 13.041796 15.594042

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 26.486486 26.486486 22.795144
2021-01-10 17:00:00 33.771353 33.771353 22.534117
2021-01-09 17:00:00 23.505976 23.505976 21.207954
2021-01-08 17:00:00 17.842324 17.842324 20.848329
2021-01-07 17:00:00 43.537415 43.537415 20.802457
2021-01-06 17:00:00 24.282715 24.282715 21.109937
2021-01-05 17:00:00 20.892857 20.892857 20.821683

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 29.347826 29.347826 24.632059
2021-01-10 17:00:00 35.185185 35.185185 24.772755
2021-01-09 17:00:00 19.298246 19.298246 24.442558
2021-01-08 17:00:00 28.089888 28.089888 23.529801
2021-01-07 17:00:00 36.666667 36.666667 23.380909
2021-01-06 17:00:00 14.606742 14.606742 22.726679
2021-01-05 17:00:00 4.827586 18.834081 21.519547

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-11 17:00:00 61.602011 61.602011 68.545724
2021-01-10 17:00:00 56.727749 56.727749 69.934723
2021-01-09 17:00:00 59.753277 59.753277 71.427119
2021-01-08 17:00:00 72.346786 72.346786 72.676730
2021-01-07 17:00:00 69.649429 69.649429 73.804163
2021-01-06 17:00:00 69.653456 69.653456 74.671038
2021-01-05 17:00:00 72.620419 72.620419 75.298077

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 30.379747 30.379747 27.468950
Basilicata 50.967742 50.967742 22.665349
Calabria 17.786561 17.786561 14.853545
Campania 16.073678 16.073678 16.827036
Emilia-Romagna 55.327635 55.327635 45.914952
Friuli Venezia Giulia 39.324619 41.036369 40.068375
Lazio 25.968109 34.499896 31.060320
Liguria 25.167038 25.167038 31.464950
Lombardia 28.483920 28.483920 32.163431
Marche 28.931364 9.557979 15.324821
Molise 10.080645 10.080645 8.852681
P.A. Bolzano 35.310734 35.310734 46.769082
P.A. Trento 44.230769 17.490494 37.222260
Piemonte 32.239280 32.239280 35.750047
Puglia 22.454874 22.454874 35.130722
Sardegna 12.157895 12.157895 12.494286
Sicilia 30.726041 30.726041 29.459755
Toscana 18.398058 18.398058 14.938797
Umbria 26.486486 26.486486 22.795144
Valle d'Aosta 29.347826 29.347826 24.632059
Veneto 61.602011 61.602011 68.545724

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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